Теория утерянных знаний. «Традиционная история» описывает неравномерное накопление научных знаний: сначала в античные времена наука достигла достаточно высокого уровня; затем, в период раннего Средневековья эти знания были почти полностью забыты; однако в эпоху Ренессанса научные знания античности, её история, литература, философия с поразительной быстротой возвратились и повсеместно распространились. Наука перешла к «классической» латыни, архитектура — к «подражаниям античности», и так далее. При этом считается, хранителями (а значит, и переписчиками) античных трудов в течение тысячи лет забвения были монахи-христиане, несмотря на то, что античная культура была для них неприемлема в силу языческого происхождения.
Могли ли наука и культура восстановиться после тысячелетнего забвения? Авторы теории считают, что такая последовательность событий невозможна. Во-первых, маловероятно, что античные труды могли оставаться в сохранности в течение тысячелетия. Группа Фоменко полагает, что в настоящее время существует очень немного подлинных документов даже всего пятисотлетней давности, тем более недостоверны античные источники, к тому же известные только в позднейших копиях, соответствие которых подлинникам проверить уже невозможно. Во-вторых, поддержание научных знаний возможно только при сохранности научной школы, способствующей передаче знаний от поколения к поколению и помогающей встроить вновь открытые «потерянные» научные знания в существующую систему. Авторы теории утверждают, что в «традиционной истории» научной школы в период Средневековья не существовало, а если так, то крайне затруднительно представить, что знания были восстановлены в результате прочтения древних текстов.
Средневековая деградация — вымысел. Фоменко и его сторонники считают, что мощная деградация науки, культуры и технологий, произошедшая в период раннего Средневековья, невозможна даже в результате крупных кризисов. Поэтому они полагают, что эти события вымышлены, в действительности же Средневековье — это период начального становления цивилизации, а «античные» работы были созданы в позднем Средневековье и в начале Ренессанса. В качестве доказательства приводится ряд средневековых трудов, в наше время считающихся подражанием «античным образцам» и созданных раньше, чем были найдены предполагаемые «образцы». «Новая хронология» объясняет такие случаи тем, что созданные за два-три века до Скалигера произведения позже были неверно отнесены к гораздо более далёкому прошлому, а их неизвестность в раннем Средневековье пришлось объяснить «потерей» на многие столетия.
Равномерное накопление знаний по Фоменко. Сторонники «Новой хронологии» считают, что гораздо более логичной по сравнению с общепринятой теорией забывания и вспоминания знаний является схема, в которой наука и культура претерпевают постепенную однонаправленную эволюцию, плавно развиваясь с течением времени. Именно такая схема складывается при принятии исторической картины, построенной по данным «Новой хронологии».